故事将从沉睡在福萨马格纳的古代化石集合在一起，变成巨大的怪兽并前往东京的背景下展开。人类将其视为自然灾害，只有妖怪们注意到了真相，开始担心未来。这样下去世界就会灭亡。能够封锁这一现象的是继承了传说中妖怪猎人血统的琦玉…

　　在GPS与芹泽军团的恶战之后，铃兰高中进入短暂的和平期。芹泽多摩雄（山田孝之 饰）让出老大宝座，泷谷源治（小栗旬 饰）则持续向恐怖的林田惠（深水元基 饰）发起冲击。8个月时间转瞬即逝，铃兰与宿敌凤仙学院的风波再起。　　两年…

菊川玲二（生田斗真）是刷新了警校建校以来最差成绩，把写检讨当成家常便饭的万年吊车尾。他有一丢丢好色却率真热情。某一日他被任命为卧底“鼹鼠”。按照命令他混入了日本最可怕的黑道组织，并定下目标要将领头大佬轰周宝捉拿归案。这次…